微生物全基因组重测序服务报价_微生物全基因组重测序服务报价

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微生物全基因组重测序服务

[商品名称:]微生物全基因组重测序服务

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南京普东兴生物科技有限公司针对不同需求的合作伙伴,制定了研究方向,选择不同的测序深度,可以进行三种类型的细菌基因组测序,包括微生物基因组框架图,精细图,完成图;可以灵活选择测序方案,构建真菌基因组精细图。
详细说明

服务介绍

对已知序列的微生物基因组进行重测序,通过序列比对,可以进行个体或群体间的差异分析,找到大量的SNPs(单核苷酸多态性位点),InDel(插入缺失位点Insertion & Deletion)、SV(结构变异位点Structure Variation)等变异类型,以廉价的方式将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。此种高通量的测序方式,可以在全基因组水平上解释导致性状差异的原因,为筛查菌株的优良性状,菌株抗药性等研究提供指导与依据。

南京普东兴生物科技有限公司是由www68399.com皇家赌场与东南大学共同投资创办,针对不同需求的合作伙伴,制定了研究方向,选择不同的测序深度,可以进行三种类型的细菌基因组测序,包括微生物基因组框架图,精细图,完成图;可以灵活选择测序方案,构建真菌基因组精细图。

图 细菌基因组圈图及COG分析

产品优势:

1、拥有标准化操作实验室高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;
2、性价比高:在检测真菌类时,低价获得至少50×coverage的全基因组测序数据以及分析比对结果;在检测细菌类时,低价获得至少100×coverage的全基因组测序数据以及分析比对结果,可提供初步组装;
3、快速精准:摆脱传统的研究方法,直接从单碱基水平快速获得物种真实信息,单碱基分辨率达到99%以上

应用领域

在进行微生物全基因组重测序服务时,针对真菌和细菌两大类,有不同的应用领域:

(一)真菌类应用领域:

1、通过比较基因组分析挖掘植物病原真菌的关键致病因子;
2、挖掘食用、药用真菌主要的功能基因;
3、通过大样本量的群体分析可得出物种进化规律、地理分布规律等。

(二)细菌类应用领域:

1、细菌基因组重测序可应用于生物医药领域(如抗生素);
2、细菌基因组重测序可应用于工业生产(如发酵);
3、细菌基因组重测序可应用于环境治理(如分解石油);
4、通过细菌基因组比较分析有助于阐明微生物的许多特性(如耐高温、耐盐、降解塑料和抗药性等;
5、对致病细菌的研究主要集中于毒力因子、致病岛、耐药基因、耐药机制以及与寄主的关系等, 通过比较可以发现或预测致病菌的致病相关基因, 为疾病的诊断、药靶的寻找和疫苗或抗生素的研制提供理论支持;
6、通过基因组比较还可以研究进化史构建生物进化树

实验方案流程:

技术流程:
1、样本质检
接到客户样品的第一时间进行质检,质检合格的样品方能保证文库构建的顺利进行。
2、文库构建
3、模板制备
将构建成功的文库经过扩增富集,得到阳性模板用于测序。
4、上机测序
采用Ion ProtonTM半导体测序技术,进行快速准确的测序。

数据分析流程:
1、数据处理
1)去除接头污染和低质量数据;
2)产出数据及质控统计;
2、标准信息分析
1)初级组装及评价,基因组概况(kmer分析,GC-Depth分析);
2)参考基因组同源性;
3)SNP和InDel的检测及在基因组的分布;
4)物种进化(系统发育树,进化选择压力);
3、高级信息分析
1)数据注释结果的初级应用;
2)不同研究领域的信息挖掘推荐;
4、个性化分析
可结合客户的实际需求,协商确定信息分析的内容,定制化分析服务。

服务须知:
1、样本接收:
1)基因组DNA。样本量:m≥6μg;浓度:c≥30 ng/μL;纯度OD260/280≥1.8~2.0,OD260/230≥2.0
2)50ml新鲜培养菌液。
2、服务周期
我们会在接收到客户的样品并检测合格后的30个工作日内完成客户的样品测序及全部信息分析工作,并提供给客户相应的结题报告及数据。

选择普东兴的理由:
1、个性化方案设计:根据客户的研究目的及项目需求,提供个性化方案设计,实现效益大化;
2、项目重视程度:我公司对所有项目都高度重视。除为客户设计个性化的测序方案外,在整个项目开展阶段,我们为客户提供技术咨询服务。项目结束后,我们仍长时间保留客户的数据,如果您在解读数据、发表文献方面遇到了困难,我们竭诚为您提供技术支持;
3、平台优势:我公司拥有尖端科技半导体高通量测序仪,并与上海生物信息技术研究中心建立战略合作,拥有强大的生物信息分析平台,这使得我公司在市场上有很强的竞争力;
4、地理优势:我公司地处南京,距离华东地区科研单位较近,而且在全国各地设有办事处,顺畅的沟通保证了项目进行过程中遇到的问题可随时解决,提高项目的完成效率。

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